شهر بجستان به لحاظ موقعیت جغرافیایی از گذشته‌های دور همواره اهمیت داشته است، زیرا از سویی حد فاصل کویر نمک و شهرهای پر آوازۀ جنابد (گناباد)، ترشیز و دامنه‌های رشته کوه سیاه در جنوب خراسان رضوی کنونی بوده، از سوی دیگر در موضعی قرار داشته که راه مشهد ـ محولات‌ ـ ترشیز ـ فردوس با راه قاین‌ ـ گناباد ـ فردوس در آن‌جا با هم تلاقی می‌کردند، معمولا چنان مکان‌هایی از قِبَل ارتباطات و تعاملات فرهنگی و مبادلات اقتصادی بهره می‌بردند و توسعه می‌یافتند. بی‌جهت نیست که به اعتقاد برخی نامش برگرفته از «بغ» و ریشه در آیین‌های کهن «مهر» و «ناهید» داشته باشد یا به «باج» و «باجستان» و راه و سفر نسبت داده شود و با «بجورد» یا «باج ورد» در راه ترشیز به نیشابور مقایسه شود. 

در اهمیت بجستان همین بس که جغرافی‌نویسان و مورخان نامدار مانند یاقوت حموی و حمدالله مستوفی به آن توجه داشته و گای لسترنج پژوهشگر معاصر در کتاب ارزشمند «جغرافیای تاریخی سرزمین‌های خلافت شرقی» و آلفونس گابریل در کتاب «عبور از صحاری ایران» شرحی بر آن نوشته‌اند. 

بجستان در عرصه جغرافیای تاریخی گاه از مضافات کاشمر بوده، گاه فردوس، گاه گناباد و اکنون شهرستانی مستقل است واقع در ۵۱ کیلومتری شمال غرب شهر گناباد. 

در شهرستان بجستان آثار تاریخی متنوع و فراوانی شامل مساجد، بقاع متبرکه، مدارس، پل‌ها، آسیاب‌ها، قلعه‌ها، تپه‌ها، کاروانسراها، دستکندها و خانه‌های سنتی وجود دارد که در مجموع فرهنگ، هنر و شیوه زندگی در آن وادی را نشان می‌دهند، اما مسجد جامع بجستان سازه عام‌المنفعۀ مهمی است که به جهات گوناگون نماد عمران، آبادی و جایگاه والای اجتماعی و اعتقادی بجستان در قرن نهم ه. ق محسوب می‌شود. 

مسجد جامع بجستان متعلق به سال ۸۲۸ ه. ق است که در آن زمان به شیوه غیر معمول دو ایوانی ساخته شده است نه چهار ایوانی و این امر شاید به این دلیل باشد که قبلا در این محل مسجدی دو ایوانی و به شیوه مساجد دو ایوانی خراسان وجود داشته که مسجد فعلی بر روی شالودۀ آن ساخته شده است البته در حال حاضر گویی مسجد بر روی تپه‌ای ساخته شده و کف مسجد در ایوان قبله ۵ متر بالاتر از سطح عمومی زمین‌های اطراف است. احتمال دارد که اختلاف سطح به دلیل انباشت خاک و مصالح ساختمانی مسجدی کهن‌تر در محل باشد. 

صحن مسجد مربع و در دو ضلع شرقی و غربی غرفه‌های کم عمقی بر صحن اشراف دارند. 

ایوان قبله در سمت جنوب غربی واقع است، بر میانه دیوار انتهایی ایوان محرابی با پوشش نیم‌گنبد مقرنس تعبیه شده است. از میانه دیوارهای جانبی ایوان دو درگاهی با اطاق‌های دو طرف ایوان گشوده می‌شوند. بر خلاف معمول پوشش ایوان در ابتدا هلالی بوده و در مرمت‌های بعدی قسمت جلو ایوان به طریق طاق و تویزۀ تیزه‌دار پوشش شده است. پوشش اطاق‌های جانبی ایوان نیز به طریق طاق، تویزه ایجاد شده و بر میانۀ چشمه طاق‌ها گنبدهای کوچک اجرا شده است. 

شبستان مستطیل شکل مسجد در سمت غرب به کمک سه ستون و شش چشمه طاق پوشش شده و از این جهت با مسجد جامع تون (فردوس) قابل مقایسه است. در شمال غرب و مقابل ایوان قبله ایوان دیگری است که با سقف هلالی تیزه‌دار پوشیده شده و از انتهای دیوار غربی آن درگاهی به درون تالاری مستطیل باز می‌شود. بر میانه دیوار جنوبی این تالار محرابی تعبیه شده است. 

برنارد اوکین به استناد آن محراب، تالار را یک نماز خانۀ خصوصی فرض کرده است. دالان ورودی مسجد بعد از هشتی به موازات ایوان شمالی و در سمت شرقی آن به درون راه یافته است. 

نقشه مسجد از یک سو قابل مقایسه با مسجد کبیر یزد و از سوی دیگر مشابه مساجد تون، بشرویه و میبد است. دلیل آن شاید موقعیت مسجد در مسیر راه ارتباطی با آن شهرها باشد. 

مسجد جامع بجستان بر خلاف بناهای دیگر عصر شاهرخ تیموری بنایی ساده و بی‌آلایش است. شاخص‌ترین اثر مکتوب آن مسجد دو کتیبۀ سنگی بر پشت ایوان‌های قبله و شمالی است. متن سنگ نوشته ثلث پشت ایوان قبله این گونه است: «در ایام دولت پادشاه اسلام شاهرخ بهادر خلدالله ملکه عمارت کرد مسجد جامع پهلوان فخرالدین سیف‌الدین برسایی (بزشتانی = بجستانی) در ماه محرم سنه ثمان و عشرین وثمانمایه» و در پشت ایوان شمالی به خط نستعلیق نوشته شده است: «در ایام دولت پادشاه جم جاه ملایک سپاه ظل‌الله شاه عباس الصفوی الحسینی الموسوی بهادرخان تعمیر مسجد جامع بجستان نمود حاجی الحرمین الشریفین حاجی ناصرالدین محمود بن احمد فی تاریخ شهر ذی‌قعده سنه الف و اربع وعشرین» (۱۰۲۴ ه. ق) 

همان‌گونه که از این کتیبه برمی‌آید مسجد جامع بجستان در عصر شاه عباس صفوی مرمت شده و پس از آن نیز بر اثر زلزله در سال۱۳۴۷خ آسیب دیده و توسط معماران اداره کل میراث فرهنگی خراسان مرمت و تثبیت شده و در پنجم آذر ۱۳۸۰ به شماره ۴۵۰۲ در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است.